O Portal Graecia Antiqua está organizado em quatro grandes áreas ou divisões: introitus ("apresentação do portal"), materiae ("monografias", agrupadas por tema, com ilustrações), periodicus electronicus ("revista eletrônica") e ad incipientes ("material para principiantes").

Arquivos auxiliares e de informações complementares foram agrupados em duas áreas anexas às demais, quid noui ("novidades") e auxilia ("recursos auxiliares").